Dalam menjalankan tugas pokok tersebut, UPT di lingkungan BPOM mempunyai fungsi :
- Penyusunan rencana, program, dan anggaran di bidang pengawasan Obat dan Makanan;
- Pelaksanaan pemeriksaan fasilitas produksi Obat dan Makanan;
- Pelaksanaan pemeriksaan fasilitas distribusi Obat dan Makanan dan fasilitas pelayanan kefarmasian;
- Pelaksanaan sertifikasi produk dan fasilitas produksi dan distribusi Obat dan Makanan;
- Pelaksanaan sampling Obat dan Makanan;
- Pelaksanaan pemantauan label dan iklan Obat dan Makanan;
- Pelaksanaan pengujian rutin Obat dan Makanan;
- Pelaksanaan pengujian Obat dan Makanan dalam rangka investigasi dan penyidikan;
- Pelaksanaan cegah tangkal, intelijen dan penyidikan terhadap pelanggaran ketentuan peraturan Perundang-undangan di bidang pengawasan Obat dan Makanan;
- Pelaksanaan pemantauan peredaran Obat dan Makanan melalui siber;
- pengelolaan komunikasi, informasi, edukasi, dan pengaduan masyarakat di bidang pengawasan Obat dan Makanan;
- pelaksanaan kerja sama di bidang pengawasan Obat dan Makanan;
- pelaksanaan pemantauan, evaluasi, dan pelaporan di bidang pengawasan Obat dan Makanan;
- pelaksanaan urusan tata usaha dan rumah tangga; dan
- pelaksanaan fungsi lain yang diberikan oleh Kepala Badan.