Dalam melaksanakan tugas, UPT BPOM menyelenggarakan fungsi:
- Penyusunan rencana, program, dan anggaran di bidang pengawasan Obat dan Makanan;
- Pelaksanaan pemeriksaan fasilitas produksi Obat dan Makanan;
- pelaksanaan pemeriksaan fasilitas distribusi Obat dan Makanan dan fasilitas pelayanan kefarmasian;
- pelaksanaan sertifikasi produk dan fasilitas produksi dan distribusi Obat dan Makanan;
- Pelaksanaan sampling Obat dan Makanan;
- Pelaksanaan pemantauan label dan iklan Obat dan Makanan;
- Pelaksanaan pengujian rutin Obat dan Makanan;
- Pelaksanaan pengujian Obat dan Makanan dalam rangka investigasi dan penyidikan;
- Pelaksanaan cegah tangkal, intelijen dan penyidikan terhadap pelanggaran ketentuan peraturan perundang undangan di bidang pengawasan Obat dan Makanan;
- Pelaksanaan pemantauan peredaran Obat dan Makanan melalui siber;
- Pengelolaan komunikasi, informasi, edukasi, dan pengaduan masyarakat di bidang pengawasan Obat dan Makanan;
- Pelaksanaan kerja sama di bidang pengawasan Obat dan Makanan;
- Pelaksanaan pemantauan, evaluasi, dan pelaporan di bidang pengawasan Obat dan Makanan;
- Pelaksanaan urusan tata usaha dan rumah tangga; dan
- Pelaksanaan fungsi lain yang diberikan oleh Kepala Badan.